20世紀80年代前,醫藥行政管理是一個分別由石化、商業、輕工、科技、衛生等分散、多頭管理的系統。1980年6月,隨著醫藥行政管理體制的改革,廣西成立了自治區醫藥管理局,藥品有了專門的醫藥行業管理和衛生行政部門的質量監督管理部門。1998年,根據《國務院關于機構設置的通知》精神,國家藥品監督管理局組建。2000年9月,根據中央和廣西體制改革精神和機構設置方案,廣西撤銷了自治區醫藥管理局,組建成立了自治區藥品監督管理局,為自治區直屬的主管藥品監督管理的行政執法機構,主管藥品監督管理工作,實行自治區以下垂直管理體制。2004年,組建食品藥品監督管理部門,在原有職能的基礎上,增加對食品的綜合協調管理和化妝品、保健品的審批管理。2009年5月,為適應《食品法》對部門監管職責調整的需要,食品藥品監管部門承接由原衛生部門承擔的餐飲服務食品監管職責,將綜合協調食品、組織查處食品重大事故的職責劃給衛生部門;2010年,我區將食品藥品監督管理體制調整為市、縣政府分級管理,食品藥品監管部門增加了保健食品、化妝品監管職責。自治區食品藥品監督管理局由政府直屬機構調整為部門管理,機構規格為保留正廳級作為過渡,人、財、物管理渠道不變;市、縣食品藥品監督管理局獨立設置、作為政府工作部門。